โรงเรียนบ้านบางปูมีชื่อเดิมว่า “โรงเรียนประชาบาลตําบลบางปู(บาญา)” สถานที่ตั้งเดิมปัจจุบันยกให้เป็นที่ปลูกสร้างสถานีอนามัยตําบลบางปูเปิดทําการสอน ในระดับประถมศึกษาตอนต้น เมื่อ พ.ศ. 2464 นับเป็นโรงเรียนประชาบาลแห่งแรกของอําเภอยะหริ่ง (รองจากโรงเรียนบ้านยามู) ซึ่งถูกยุบไปแล้ว 

     โรงเรียนบ้านบางปูอยู่ติดถนนรามโกมุททางทิศใต้ (ทางหลวงสายปัตตานี– นราธิวาส) มีอาคารเรียนขนาด 2 ห้องเรียน ฝาไม้กระดานหลังคามุงกระเบื้องดินเผา พื้นที่ใช้ดินถม งบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการ 50,000 บาท โรงเรียนบ้านบางปูตั้งอยู่หมู่ที่ 3 ตําบลบางปู อยู่ติดถนนรามโกมุท ทางทิศใต้ โรงเรียนมีเนื้อที่ทั้งหมด 18 ไร่ สภาพชุมชนรอบบริเวณสถานศึกษามีลักษณะ  เป็นชุมชนขนาดใหญ่  ที่ตั้งของหมู่บ้านอยู่ติดทะเล     ซึ่งมีสภาพเป็นป่าชายเลนที่อุดมสมบูรณ์  สภาพชุมชนเป็นชุมชนแออัด  บ้านหนึ่งหลังอาศัยกันอยู่หลายครอบครัว  ในชุมชนไม่มีพื้นที่ว่างเปล่าเพื่อให้ผู้เรียนเล่นหรือออกกำลังกาย  ผู้เรียนจึงมาเล่นกีฬาต่างๆ ที่สนามของโรงเรียน   มีประชากรประมาณ 4,874  คน บริเวณใกล้เคียงโดยรอบสถานศึกษา  ได้แก่  ป่าชายเลน  ที่ตั้งบ้านเรือน  อาชีพหลักของชุมชน คือ  ประมง  ค้าขาย  ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม 

     ปัจจุบันโรงเรียนจัดการศึกษา 2 ระดับ คือ ระดับก่อนการศึกษาภาคบังคับ (ปฐมวัย) และระดับการศึกษาภาคบังคับ ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 6  ปัจจุบันมี นายพนิต พรหมจันทร์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

โรงเรียนบ้านบางปู ตั้งอยู่หมู่ที่ 3 ตำบลบางปู อำเภอยะหริ่ง จังหวัดปัตตานี

 มีเขตพื้นที่บริการ 2 หมู่บ้าน ได้แก่ หมู่ที่ 2 หมู่ที่ 3 ตำบลบางปู